El templo pertenecía al desaparecido Convento de San Francisco, que fue uno de los más importantes de la ciudad fundado posiblemente en el Siglo XIII.
Destaca la decoración barroca con estucados de la capilla del Sagrario como único elemento decorativo que se conserva junto con algunos detalles de la cúpula. La iglesia acoge al Sagrario de la Catedral.
El edificio dio nombre al actual Paseo de San Francisco, donde se situaba el huerto de los religiosos.

IGLESIA DE SAN JUAN BAUTISTA